綾波の部屋は本当に打ち放しなのか?

まあ専門的な事はわからないですが

おそらく、このエヴァンゲリオンのアニメーターたちで背景デザインを担当した方々は、セパ穴の成立事由を理解されていなかったんではないか?と思います。

成立事由を理解はされてないかもしれないけれど、美術担当の加藤浩氏と、監督の庵野氏は共に大阪芸術大学出身で、その外装を参考にしたんだと思いますよ。

QuickTimeVRでキャンパス外壁を眺めれば、参考にしていると感じます。
芸術情報センターのアートホールがわかりやすいと思います。